Ngày 13 tháng 9 năm 1556,[43] Knox, cùng vợ và nhạc mẫu, trở lại Geneva và làm quản nhiệm cho một nhà thờ ở đây. Trong hai năm kế tiếp ông thụ hưởng cuộc sống hạnh phúc và bận rộn. Mỗi tuần ông thuyết giảng ba lần, mỗi bài giảng thường dài hơn hai giờ. Hai con trai của Knox, Nathaniel và Eleazar, đều chào đời tại Geneva.[44]

Mùa hè năm 1558, Knox cho ấn hành tiểu luận The First Blast of the Trumpet Against the Monstrous Regiment of Women, với lời lẽ nặng nề nhắm vào Mary Tudor, nữ hoàng Anh, và Mary Stuart, nữ hoàng Scotland. Quyển sách bị cấm lưu hành ở Anh. Sau khi Elizabeth Tudor lên ngôi, nhiều người Anh tị nạn chuẩn bị trở về nước. Knox rời Geneva vào tháng 1 năm 1559, nhưng mãi đến ngày 2 tháng 5 ông mới đặt chân đến Scotland do nữ hoàng không cho phép ông đi qua nước Anh.[45]